这些高价值生物医学资源库你可以免费使用

1 ChEMBL 靶点与生物活性数据库

ChEMBL 数据库是欧洲生物信息研究所(European Bioinformatics Institute,EBI)开发的一个在线的免费数据库,它通过从大量文献中收集各种靶点及化合物的生物活性数据,为药物化学家们提供了一个非常便利的查询靶点或化合物的生物活性数据的平台。截至目前,该数据库共收集了 12482 个靶点,187.9 万个化合物,共有 15500 万条生物活性信息。

通过该数据库,用户可以快速查询到某个靶点目前以报道的化合物及其活性信息,也可以查询某个化合物在哪些靶点做个生物活性测试及其数据。这些数据都来源于各种已报道的文献,数据较为可靠,且能够溯源,查询到数据的出处。通过该数据库,用户可以节省大量查阅文献和收集化合物数据的时间,快速获取准确的化合物及其生物学数据,进一步加速药物设计和药物开发的速度。

访问网址:https://www.ebi.ac.uk/chembl/

2 KEGG 信号通路数据库

KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,京都基因与基因组百科全书)是一个整合了基因组、化学和系统功能信息的数据库,旨在揭示生命现象的遗传与化学蓝图。KEGG 是了解高级功能和生物系统(如细胞、 生物和生态系统),从分子水平信息,尤其是大型分子数据集生成的基因组测序和其他高通量实验技术的实用程序数据库资源,由日本京都大学生物信息学中心的 Kanehisa 实验室于 1995 年建立。是国际最常用的生物信息数据库之一,以“理解生物系统的高级功能和实用程序资源库”著称。

它是由人工创建的一个知识库,是基于使用一种可计算的形式捕捉和组织实验得到的知识而形成的系统功能知识库。另外,KEGG 具有强大的图形功能,它利用图形来介绍众多的代谢途径以及各途径之间的关系。

访问网址:https://www.genome.jp/kegg/

3 Reactome 信号通路数据库

Reactome 是一个汇集了由专家撰写,经同行评阅的有关人体内各项反应及生物学路径的文章的数据库。该数据库为人们提供了一个全新的从整体水平上对生物学途径进行研究的工具,同时,它也是一个改良的搜索及数据挖掘工具,可以简化与生物学途径相关的数据搜索与研究。此外,对用户提供的高通量数据组进行分析,也变得更为简单。

Reactome 是一个免费开源的通路数据库,提供直观的生物信息学工具,用于可视化,解释和分析通路相关知识,以支持基础研究,基因组分析,建模,系统生物学研究等。

访问链接:https://reactome.org/

4 PharmGKB 遗传药理学和药物基因组学数据库

药物基因组学知识库(PharmGKB,Pharmacogenomics Knowledgebase)是 NIH 资助的一个资源,收集、指导和传播关于临床可操作基因-药物关联和基因型-表型关系的知识。

斯坦福大学牵头的研究团队对搜集到的关于基因组、分子和细胞表表型以及临床的数据进行分析和组织后,把基因和药物的关系分为两个大的范畴:表型(包括:临床结果(CO),药效学和药物反应(PD),药物动力学(PK)以及分子和细胞功能化验(FA));基因型(GN),提供人类遗传变异如何影响药物反应的信息。

访问网址: https://www.pharmgkb.org/

5 DrugBank 数据库

DrugBank 数据库 DrugBank 是阿尔伯塔大学提供的一个生物信息学和化学信息学数据库,是一种独特的生物信息学和化学信息学资源,它将详细的药物数据和全面的药物目标信息结合起来。

最近发布的 DrugBank(版本 5.1.1,2018-07-03 版)包含 11895 种药物条目,其中包括 2533 种经批准的小分子药物、1184 种经批准的生物技术(蛋白质/肽)药物、129 种药物和 5761 种实验药物。此外,5131 个非冗余蛋白(即药物靶标/酶/转运体/载体)序列与这些药物条目相关联。每个 DrugCard 条目包含 200 多个数据字段,其中一半用于药物/化学数据,另一半用于药物靶标或蛋白质数据。

DrugBank 最大的特色是它支持全面而复杂的搜索,结合 DrugBank 可视化软件,这些工具能让科学家们非常容易的检索到新的药物靶目标、比较药物结构、研究药物机制以及探索新型药物。

访问网址: https://www.drugbank.ca/

6 ChemSpider 化学结构与文献数据库

ChemSpider 是免费的化学结构式与文献数据库,可通过文本和结构对 6800 多万个结构、特性和来自数百个数据源的包括出版物、专利等在内的相关信息进行搜索访问。

访问网址:http://www.chemspider.com/

7 Guide to Pharmacology 药理学指南数据库

Guide to Pharmacology 网站由英国药理学学会(The British Pharmacological Society,BPS)和国际基础与临床药理学联合会(the International Union of Basic and Clinical Pharmacology ,IUPHAR)合作建立,目的是成为一个获取药理学信息的“一站式”门户网站。其主要目标之一是提供一个可检索的数据库,提供关于药物靶点以及对其起作用的药物或实验药物的量化信息。

每个靶点家族均有初始视图或登陆页面,提供专家对其关键属性和选择性配体、工具化合物的概述。对于选定的目标,提供每个靶标家族的详细介绍页面和关于每个靶标的药理、生理、结构、遗传和病理生理特性等信息。该数据库可链接到其他数据库中的其他信息(包括 Ensembl、UniProt、PubChem、ChEMBL 和 DrugBank)以及 PubMed 中的化学信息和文献引用。

通过该网站可以获取更多关于药物分子靶点的大量信息,同时这些信息也将指导研究人员建立更多遗传学、治疗、分子生物学、免疫学及化学特性的在线数据库,帮助科学家们从事相关的研究工作。该数据库不仅适合药理学家,也适用于生理学家、健康科学家、细胞生物学家和在生命科学和化学领域工作的人员。

The Concise Guide To PHARMACOLOGY 2017/2018(药理学简明指南 2017/2018)作为《英国药理学杂志》(British Journal of Pharmacology)每两年发行一期的最新特刊,简要概述了 1,700 多种人类药物靶标及其药理学的关键特性,并且可以一览 IUPHAR / BPS 药理学指南中的数据,并排比较药物靶点家族的成员。目前更新的准则是最先进的参考指南,其可以指导科学家们寻找并研究大量关键的药理学及治疗性的药物靶点;该指南将定量的药理学数据同大量的受体、离子通道、转运蛋白及酶类家族相结合,从而就可以为任何一名科学家提供新的研究领域来快速获取其所想要的药物靶点的相关数据信息。

无论是在实验室中寻找关于任何靶点的最佳工具,或者是您需要重要参考资料的最新清单,没有比《简明药理学指南》更好的资源,同时也可作为药理学专业的教材使用。

访问网址: 药理学指南数据库 http://guidetopharmacology.org/

8 Guide to ImmunoPharmacology 免疫药理学指南数据库

Guide to ImmunoPharmacology 网站由英国药理学学会(The British Pharmacological Society,BPS)和国际基础与临床药理学联合会(the International Union of Basic and Clinical Pharmacology ,IUPHAR)合作建立,是对现有药理学指南数据库(Guide to Pharmacology)的扩展。旨在改善免疫学和药理学专家群体之间的数据交换,以便更好地支持对调节疾病的免疫、炎症或传染性疾病的药物的研究和开发。

访问网址: http://www.guidetoimmunopharmacology.org/immuno/

9 PDB 蛋白质结构数据库

PDB 蛋白质结构数据库(Protein Data Bank,简称 PDB)是美国 Brookhaven 国家实验室于 1971 年创建的,由结构生物信息学研究合作组织(Research Collaboratory for Structural Bioinformatics,简称 RCSB)维护。和核酸序列数据库一样,可以通过网络直接向 PDB 数据库提交数据。

PDB 是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5 维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库,是通过 X 射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。

其内容包括生物大分子的原子坐标、参考文献、1 级和 2 级结构信息,也包括了晶体结构因数以及 NMR 实验数据,等。PDB 数据库允许用户用各种方式以及布尔逻辑组合(AND、OR 和 NOT)进行检索,可检索的字段包括功能类别、PDB 代码、名称、作者、空间群、分辨率、来源、入库时间、分子式、参考文献、生物来源等项。

PDB 数据库以文本文件的方式存放数据,每个分子各用一个独立的文件。早期的入口文件文件名后缀为“.pdb”,1997 年以后每 1 种生物大分子有 1 组(3 个)相关文件与之对应,它们是:全文文件“.full”(相当于原来的“.pdb”文件)、书目文件“.biblio”和图形文件“.gif”。可通过 FTP 下载 PDB 数据。

数据可通过相关三维立体结构显示软件进行查看、编辑,进一步用于研究。

访问网址:http://www.rcsb.org/

10 UniProt 蛋白质序列数据库

Unified Protein Database(简称 UniProt)是信息最丰富、资源最广的蛋白质序列数据库,整合 Swiss-Prot、TrEMBL 和 PIR 三大数据库的数据而成。

访问网址:http://www.uniprot.org/

11 RefSeq 基因参考序列数据库

NCBI Reference Sequence Database(简称 RefSeq)是美国国家医学图书馆(The United States National Library of Medicine, NLM)下属国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)开发的基因参考序列数据库,为多种生物提供序列的数据信息及相关资料,用于医学、基因功能和基因功能比较研究。RefSeq 数据库中所有的数据是一个非冗余的、提供参考标准的数据,包括染色体、基因组(细胞器、病毒、质粒)、蛋白、RNA 等。

访问网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/

12 GenBank 核苷酸序列数据库

GenBank 是美国国家医学图书馆(The United States National Library of Medicine, NLM)下属国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)开发的核苷酸序列数据库,与日本 DNA 数据库(DNA Data Bank of Japan ,DDBJ)以及欧洲生物信息研究所的欧洲分子生物学实验室核苷酸数据库(European Molecular Biology Laboratory, EMBL)一起,都是国际核苷酸序列数据库合作的成员。

GenBank、DDBJ、EMBL,所有这 3 个中心都可以独立地接受数据提交,而 3 个中心之间则逐日交换信息,并制成相同的充分详细的数据库向公众开放。

可通过 Nucleotide 查询 GenBank 数据。Nucleotide 数据库包含 GenBank, RefSeq, TPA 和 PDB 的数据。

可通过 BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)在 GenBank 和其他数据库中进行序列相似性搜索。

访问网址:

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/GenBank

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/Nucleotide

https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgiBLAST

13 PubChem 有机小分子生物活性数据库

PubChem,即有机小分子生物活性数据,是一种化学模组的数据库,由美国国立卫生研究院(National Institutes of Health,NIH)管理的美国国家医学图书馆(The United States National Library of Medicine, NLM)下属国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)开发。该数据库于 2004 年 9 月启动,旨在促进小分子数据资源的公共利用,可经由网站直接存取,数以万计的化学组成资料集可经由 FTP 免费下载。

访问网址:https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/

14 PubMed Central 全文数据库

PubMed Central(PMC)由国国家医学图书馆(The United States National Library of Medicine, NLM)下属国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)开发,收录存档无版权争议的生物医药类全文文献,免费提供用户使用。

访问网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/

15 PubMed Health 临床评价数据库


PubMed Health 临床评价数据库由美国国家医学图书馆(The United States National Library of Medicine, NLM)下属国家生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information, NCBI)开发,包括疾病、药物、治疗、方法等方面的内容。

访问网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmedhealth/

来了,老弟
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