中国科学院武汉病毒研究所病毒学科研究数据科学服务平台

中科院武汉病毒研究所支持建设的中国病毒基础数据库主要采集我国病毒学科的各类病毒活体毒株的保存信息,包括背景信息、遗传信息、流行特征以及交流等重要科学信息,提升病毒毒株资源的科学价值,推动病毒学科研究数据持续积累与整合,病毒学研究发挥重要支撑作用。针对病毒学科重点研究领域,以自主研究数据和标准化海量数据为基础,不同分析模块为依托,构建完整病毒学研究综合信息数据应用服务模块,病毒流行病学图形化分析系统、致病性分析、病毒遗传分析、病原基因库推断分析、病原基因组学分析等多种分析服务,实现病毒资源与生物学特征、生物信息学的综合分析与共享,为病毒学科开展深入研究提供科学服务平台。平台包含的数据库列表如下:

病毒资源数据库 [Database of Virus Resource]

病毒资源数据库整合具有自主知识产权的数据库,包括病毒保藏数据库、病毒物种库、模式标本数据库、病毒物种库,建立具有规模的”中国病毒资源数据库”,其病毒资源涵盖各类病毒库,包括人类医学病毒库、动物病毒库、人畜共患病毒库、野生动物病毒库、自然疫源性病毒库、新发传染病病原库、昆虫病毒库、植物病毒库、细菌病毒库、病毒遗传资源数据库(保存重要病毒基因片段克隆质粒库、基因序列库、重要遗传物质)。

病毒编目数据库 [Database of Virus Taxonomy]

病毒编目数据库主要收录了 7800 余株病毒的基本信息,包括病毒的英文名、中文名、分类、宿主、采集时间、地点、来源、数量、原始文献、生物安全等级等数 据信息,也包括病毒理化特性、基因组信息,病毒分类信息,最大限度地提供了物种的本底信息;该数据库的建立提供了方便友好的检索界面,可以根据病毒的分类 阶元,如科名、种名的中英文全称或部分字段,查询病毒的信息。

病毒敏感细胞数据库 [Database of Cell Line]

病毒敏感细胞库主要收集和保藏我国人和动物的相应病毒敏感细胞株(系)资源;研究和发展细胞培养新技术,研究和发展细胞株(系)的保藏、质量控制新技术;面向全国,为我国病毒学和生物技术领域的研究工作提供标准化的细胞株(系)及有关服务。

病毒遗传资源数据库 [Database of Virus Genetic Information]

病毒遗传资源数据库(遗传资源-克隆库)收集各类病原重要功能基因克隆基本信息,包括克隆基因的生物学背景、基因描述、编码蛋白、功能、参考文献等等相关研究信息;并建立和储备这些病原的核酸检测方法。

野生动物病原宿主组织数据库 [Database of Host]

野生动物病原宿主组织数据库收集包括不同病原传播载体(啮齿类,鸟类, 蝙蝠,蚊,蜱),不同样本类型(咽拭子,肛拭子,血清,病理组织)保存温度、保存方法、实物状态、共享方式、病理背景等科学数据。

动物疫病病原综合应用数据库 [Database of Rabies]

动物疫病病原综合应用数据库整合动物疫病病原数据与相关毒株信息,提供自主研究的流行病学调查数据,包括:动物疫病病原的分离株信息、生物学特征、抗原表 型、致病性、基因组学、遗传稳定性与分子进化特征、流行病学分析与地理显示系统等;可直观实现分子流行病学数据、疫情动态等生物信息系统的地理信息图形化 显示;可整合常见分析软件,如多序列比对,序列突变分析,进化分析等,实现分子数据的安全存储与共享;也可在现有病毒基因序列基础上,以进化模型为依据, 进行病原基因库推断分析,从而为病毒学相关研究提供一个操作界面便捷,数据共享安全,检索内容涵盖基本数据库和专业数据库的完整信息化服务平台。

自然疫原性病毒综合应用数据库 [Database of Flavi]

自然疫源性病毒综合应用数据库整合自然疫源性病毒数据与相关毒株信息,提供自主研究的流行病学调查数据,包括:自然疫源性病毒的分离株信息、生物学特征、 抗原表型、致病性、基因组学、遗传稳定性与分子进化特征、流行病学分析与地理显示系统等;可直观实现分子流行病学数据、疫情动态等生物信息系统的地理信息 图形化显示;可整合常见分析软件,如多序列比对,序列突变分析,进化分析等,实现分子数据的安全存储与共享;也可在现有自然疫源性病毒基因序列基础上,以 进化模型为依据,进行病原基因库推断分析;为病毒学相关研究提供一个操作界面便捷,数据共享安全,检索内容涵盖基本数据库和专业数据库的完整信息化服务平 台。

昆虫病毒综合应用数据库 [Database of Insect Viruses]

昆虫病毒综合应用数据库整合昆虫病毒数据与相关毒株信息,提供自主研究的流行病学调查数据,包括:自然疫源性病毒的分离株信息、生物学特征、抗原表型、致病性、基因组学、遗传稳定性与分子进化特征、流行病学分析与地理显示系统等;可直观实现分子流行病学数据、疫情动态等生物信息系统的地理信息图形化显示;可整合常见分析软件,如多序列比对,序列突变分析,进化分析等,实现分子数据的安全存储与共享;也可在现有昆虫病毒基因序列基础上,以进化模型为依据,进行病原基因库推断分析;为病毒学相关研究提供一个操作界面便捷,数据共享安全,检索内容涵盖基本数据库和专业数据库的完整信息化服务平台。

流感综合应用数据库 [Database of Influenza Viruses]

病毒资源数据库整合具有自主知识产权的数据库,包括病毒保藏数据库、病毒物种库、模式标流感综合应用数据库整合流感病毒数据与相关毒株信息,提供自主研究的流行病学调查数据,包括:流感病毒的分离株信息、生物学特征、抗原表型、致病性、基因组学、遗传稳定性与分子进化特征、流行病学分析与地理显示系统等;可动态实现流感病毒的生物信息系统的地理信息图形化显示,包括:病原、流调信息、时间空间信息、传播途径、传染方式、易感宿主、范围等;可整合常见分析软件,如多序列比对,序列突变分析,进化分析等,实现分子数据的安全存储与共享;也可在现有流感病毒基因序列基础上,以进化模型为依据,进行病原基因库推断分析;为病毒学相关研究提供一个操作界面便捷,数据共享安全,检索内容涵盖基本数据库和专业数据库的完整信息化服务平台;为流感病毒的疫情预警和防控提供多层次的信息交流平台。

肝炎综合应用数据库 [Database of Hepatitis Viruses]

肝炎综合应用数据库整合各类肝炎病毒数据与相关毒株信息,提供自主研究的流行病学调查数据。

病毒性病原历史疫情数据库 [Disease of History]

录入包括重点病原爆发的一系列历史疫情数据,具体数据应包括疫情发生的时间、结束时间、疫情扩散范围、感染数、死亡数(率),尽量多的还原疫情爆发时疫源地的生境数据。同时进行二次数据加工,根据不同地域,不同宿主,不同病原体,生境,建立历史疫情数据库。

高通量病原检测数据库 [Detection of Pathogen]

通过生物信息学分析,分别建立针对不同物种(蝙蝠、鸟、鼠、蜱、蚊)所携带病毒进行 Pan-PCR 及多重引物联合 PCR 的实验技术;建立针对蝙蝠、鸟、鼠、蜱、蚊所携带重要病毒的流式液相芯片核酸检测方法;开发新型的快速检测自然宿主及媒介昆虫携带病毒的核酸、抗原、抗体检测方法;利用上述方法,对不同地区采集的样品进行高通量病毒检测。录入对相关样品进行宏基因组测序及分析结果数据,构建高通量病原检测数据库。

病毒性病原本底数据库 [Background of Pathogen]

录入采集样品携带病毒病原的检测分析数据,形成我国有代表性的自然疫源地区(新疆、青海、湖北、云南地区)的不同物种携带病毒病原的调查报告,获得我国典型病毒病自然疫源地的全新病毒本底,构建中国病毒性病原本底数据库,为了解宿主动物、媒介昆虫、病毒之间的相互作用关系、揭示新发突发传染病的暴发机理等重大基础研究提供重要数据。

病毒性病原遗传资源数据库 [Genetic Information of Virus]

录入不同动物物种中病毒病原的分离鉴定数据以及新的病原分离株信息,建立我国蝙蝠、蚊虫、蜱类、啮齿类、鸟类来源的病毒遗传资源库,为疫苗及药物等重大科学研究提供不可或缺的源头资源。

中国病毒性病原调查专业数据库 [Database of Viral Pathogen Investigation in China]

本项目在中国病毒资源基础数据库的基础上,整合原有数据库,针对“我国重要自然宿主及媒介昆虫的病毒病原调查”项目,存储病原调查将采集全新的病毒本底数据和遗传资源,为新发突发传染病的暴发机理等重大基础研究提供数据,也将为新发传染病早期诊断技术、疫苗及药物等重大科学研究提供不可或缺的源头数据资源与标准。

来了,老弟
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